카타나 제로에는 히든 보스가 존재한다. 히든 보스의 정체는 바로 '정신과 의사'다. 노말 엔딩에서는 정신과 의사가 자신을 속여왔다는 것을 깨달은 주인공이 정신과 의사를 죽이는 것으로 끝난다. 그러나 특정 조건을 만족하면 정신과 의사가 주인공을 가로막는 마지막 보스로 등장한다.

※ 히든 보스 공략의 기준은 노말 난이도

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▣ 히든 보스 등장 조건

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히든 보스를 만나기 위해서는 아래의 과정을 거쳐야 한다. 본편을 클리어한 이후라면 이어하기에서 단계별 과정을 만족하고 바로 메인 화면으로 넘어가는 것으로도 히든 보스 등장 조건을 달성할 수 있다.

히든 보스를 클리어하면 스피드런에 '숨겨진 보스' 설정이 추가된다. 이를 통해 스피드런에서 무엇을 하든 히든 보스가 나오도록 설정할 수 있다. 또한, 시작 스테이지 설정 마지막에도 '보스'가 추가되어 히든 보스와 바로 전투하는 것도 가능하다.

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▣ 히든 보스 패턴 정리

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○ 1 페이즈

1 페이즈에서는 보스가 2개의 포탈을 열어 거대한 팔로 공격한다. 이 팔을 공격하면 보스에게 피해를 줄 수 있다. 포탈은 좌우에서 무작위로 열리므로 중앙에서 대응하는 것이 가장 안정적이다.

거대한 팔에 잡히면 좌우 버튼을 연타해서 탈출할 수 있다. 그러나 두 번째부터는 아무리 연타해도 탈출하지 못하고 죽게 되니 두 번 이상 잡히지 않도록 주의해야 한다.

○ 2 페이즈

2 페이즈에서는 보스의 분신이 다수 등장해 투사체를 발사한다. 투사체를 튕겨서 분신을 하나씩 제거할 수 있고, 모든 분신을 제거하면 3 페이즈로 넘어간다.

공격 패턴은 중앙 위에서 회전하며 주인공에게 투사체를 발사, 위에 일렬로 서서 투사체를 아래로 발사, 무작위 장소에서 주인공에서 투사체를 동시에 발사 등 세 가지다. 이 중에서 마지막 공격 패턴은 모든 투사체를 튕겨내려 하지 말고, 한 번에 한 개씩 튕겨내는 식으로 공략하는 것이 안전하다.

○ 3 페이즈

3 페이즈에서는 배경이 어두워지기 무작위 장소에 거대한 눈이 다수 나타난다. 이 눈을 일정 시간 안에 모두 파괴하지 못하면 사망한다.

눈이 등장하는 패턴은 모두 6가지이며, 패턴마다 특징이 있다. 첫 번째는 기본, 두 번째는 색상 변화, 세 번째는 화면 4분할, 네 번째는 4개 화면 중첩, 다섯 번째는 화면 및 마우스 상하 반전, 여섯 번째는 잔상 효과가 있으니 당황하지 말고, 침착하게 눈을 파괴하는 것이 중요하다.

○ 4 페이즈

4 페이즈가 되면 정신과 의사가 거대한 괴물로 변신한다. 4 페이즈 공격 패턴은 총 5가지다. 첫 번째는 뇌처럼 생긴 소형 몬스터가 3~4마리 등장해 투사체를 발사하는 패턴이다. 해당 몬스터가 투사체를 발사하기 전에 빨리 처치하는 것이 좋고, 시간이 지나면 다른 패턴과 겹치므로 주의가 필요하다.

두 번째는 거대한 주사기를 위에서 아래로 3~4회 내려찍는 패턴이다. 한 방향으로 쭉 달려도 되고, 주사기를 내려찍을 때마다 좌우로 계속 피할 수도 있다.

포탈을 열어 거대한 주사기를 다수 발사하는 공격 패턴이 3가지 존재한다. 첫 번째는 포탈이 위에 일렬로 생성되어 주사기를 아래로 발사하는 패턴, 두 번째는 왼쪽 / 왼쪽 위 / 위 / 오른쪽 위 / 오른쪽 5곳에서 무작위 순서로 포탈이 생성되어 주사기를 발사하는 패턴, 세 번째는 반원형으로 포탈이 다수 생성되어 차례대로 주사기를 발사하는 패턴이다.

첫 번째와 두 번째 주사기 패턴은 빈 공간을 이용해 피하면 된다. 그러나 세 번째 패턴은 빈 공간이 없으므로 처음으로 주사기가 발사되는 방향으로 굴러서 피하고, 이어서 계속 날아오는 주사기를 점프해서 피해야 한다.

공격 패턴을 3~4회 파훼할 때마다 무작위 장소에서 보스의 본체가 나타난다. 본체는 일정 시간이 지나면 원형으로 투사체를 발사하고 사라지니 본체가 사라지기 전에 빨리 공격해야 한다. 본체를 세 번 공격하면 히든 보스전을 클리어할 수 있다.